Tijdens het onderzoek ligt u op een bed of zit u op een stoel en krijgt u zuurstof toegediend. U kunt tijdens het onderzoek niet praten. De bronchoscoop wordt via een neusgat of via de mond ingebracht tot in de luchtpijp. Bij een scopie via de mond krijgt u om de scoop te beschermen een mondstukje in. Het inbrengen van de scoop kan een hoestprikkel of kokhalsneiging geven. De verpleegkundige zal u instrueren rustig te blijven doorademen. De arts zal tijdens het onderzoek eventueel bijverdoven. Afhankelijk van de reden van onderzoek en van wat de arts in de luchtweg ziet, wordt vocht of weefsel afgenomen voor onderzoek. Soms is het nodig om de samenstelling van de vloeistof in de longblaasjes te laten onderzoeken. Er wordt dan een spoeling van de kleinere luchtwegen en longblaasjes (een broncho-alveolaire lavage, afgekort BAL) uitgevoerd. Hiervoor schuift de arts de bronchoscoop zo ver mogelijk in de luchtweg, waardoor het achterliggend deel afgesloten wordt. Er wordt dan vloeistof in dit gedeelte van de longkwab gespoten, die daarna weer wordt opgezogen. Dit kan een benauwd gevoel en een hoestprikkel geven. De gehele hoeveelheid vloeistof, die wordt teruggezogen, gaat naar het laboratorium voor onderzoek. In totaal duurt het verdoven en het onderzoek ongeveer dertig tot veertig minuten.