Stofnun Sjóminjasafnsins í Reykjavík Upphaf safnsins má rekja til þess að 17. maí 2001 lagði Vilhjálmur Þ. Vilhjálmsson fram tillögu í borgarstjórn um að Reykjavíkurborg beitti sér fyrir stofnun og rekstri sjóminjasafns í Reykjavík. Í júní sama ár samþykkti borgarráð að skipa þriggja manna starfshóp sem kanna átti hugmyndir um stofnun sjóminjasafns. Starfshópinn skipuðu þau Vilhjálmur Þ. Vilhjálmsson, Sigrún Magnúsdóttir og Helgi Pétursson. Í mars 2002 lagði starfshópurinn fyrst fram tillögur sínar í borgarráði og voru þær samþykktar í meginatriðum. Starfshópurinn hélt áfram sínu starfi og ráðinn var starfsmaður hópsins. Í maí 2003 skoðaði starfshópurinn húsnæðið að Grandagarði 8, þar sem BÚR hafði áður verið til húsa. Á haustdögum ákvað hafnarstjórn að frumkvæði Árna Þórs Sigurðssonar að Reykjavíkurhöfn keypti húsnæðið fyrir Sjóminjasafnið, alls 1.900 fm, og voru kaupin á húsinu fyrsta afgerandi framlagið sem safninu áskotnaðist. Eftir frekari undirbúningsvinnu var síðan formlegur stofnfundur Sjóminjasafnsins í Reykjavík haldinn í nýskipuðu fulltrúaráði þann 30. nóvember 2004. Fyrsti stjórnarformaður safnsins var Stefán Jón Hafstein. Stofnun safnsins var síðasta embættisverk Þórólfs Árnasonar í stóli borgarstjóra, en hann lagði áherslu á ljúka stofnun safnsins áður en hann hætti. Víkin tók formlega til starfa í ársbyrjun 2005 og var Sigrún Magnúsdóttir ráðin forstöðumaður safnsins. Í janúar 2005 var tekin ákvörðun um að opna safnið almenningi með fyrstu sýningu safnsins á Hátíð hafsins 4. júní 2005. Þann dag opnaði safnið dyrnar fyrir fyrstu safngestunum þegar sýningin Togarar í hundrað ár var formlega opnuð, að forseta Íslands viðstöddum.